BioinfoScripts/coMutatedGenes.pl at master · mtp-usz/BioinfoScripts · GitHub

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#!/usr/bin/perl -w
# Author: Abdullah Kahraman
# Date: 18.11.2015

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### List all co mutated genes.                                              ###
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use strict;
use warnings;
use Getopt::Long;

my (
    # variable for parameters which are read in from commandline
    $help,
    $in,
    $genes,
   );

##############################################################################
### read all needed parameters from commandline ##############################

&GetOptions(
    "help!"      => \$help,     # print this help
    "in=s"       => \$in,       # input file, e.g. broad.mit.edu__Illumina_Genome_Analyzer_DNA_Sequencing_level2.maf
    "genes=s"     => \$genes,     # gene names, e.g. PTEN,NF1
) or die "\nTry \"$0 -h\" for a complete list of options\n\n";

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# help
if ($help) {printHelp(); exit}

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### SETTINGS #################################################################
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### SUBROUTINES ##############################################################
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sub printHelp {
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    # prints a help about the using and parameters of this scripts
    # (execute if user types commandline parameter -h)
    # param:  no paramaters
    # return: no return value

    my (
	$usage,
	$sourceCode,
	@rows,
	$row,
	$option,
	$scriptInfo,
	$example,
       );

    $usage = "$0 -in broad.mit.edu__Illumina_Genome_Analyzer_DNA_Sequencing_level2.maf -genes PTEN,NF1\n";


    print "\nUsage: " .  $usage . "\n";

    print "Valid options are:\n\n";
    open(MYSELF, "$0") or
      die "Cannot read source code file $0: $!\n";
    $sourceCode .= join "", <MYSELF>;
    close MYSELF;
    $sourceCode =~ s/^.+?\&GetOptions\(\n//s;
    $sourceCode =~ s/\n\).+$//s;
    @rows = split /\n/, $sourceCode;
    foreach $row (@rows){
        $option = $row;
	$option =~ s/\s+\"//g;
	$option =~ s/\"\s.+\#/\t\#/g;
	$option =~ s/=./\t<value> [required]/;
	$option =~ s/:./\t<value> [optional]/;
	$option =~ s/!/\t<non value> [optional]/;

	$row =~ s/^.*//;
	print "\t";
	printf("%-1s%-30s%-30s\n", "-",$option,$row);

    } # end of foreach $row (@rows)
    print "\n";
    print "Options may be abreviated, e.g. -h for --help\n\n";

    $example  = "$0";
}

##############################################################################
### END OF SUBROUTINES########################################################
##############################################################################


############
### MAIN ###
############

if(!defined $in) {
    print STDERR "\nPlease specify the input file with -in. Try \"$0 -h\" for a complete list of options\n\n";
    exit;
}
if(!-e $in) {
    print STDERR "\nERROR: Input file \"$in\" does not exists. Please check the file path\n\n";
    exit;
}
if(!defined $genes) {
    print STDERR "\nPlease specify the gene names. Try \"$0 -h\" for a complete list of options\n\n";
    exit;
}

open(F, $in) or die "\n\nERROR: Failed to open input file \"$in\", $!\n\n";

my %sample = ();
my %genes = ();
my @genes = split(/\,/, $genes);

while(my $l = <F>) {
    chomp($l);
    my @a = split(/\t/, $l);
    $sample{$a[15]}->{$a[0]} = 1;

    foreach my $gene (@genes) {
	if($a[0] eq $gene) {
	    $genes{$a[15]}->{$gene} = 1;
	}
    }
}
close(F);

my %coMut = ();
my $totalSampleNo = keys %sample;

foreach my $sample (sort keys %genes) {
    my $matchedGenesNo = keys %{$genes{$sample}};
    if($matchedGenesNo == @genes) {
	foreach my $gene (sort keys %{$sample{$sample}}) {
	    $coMut{$gene}++;
	}
    }
}

foreach my $gene (sort {$coMut{$b}<=>$coMut{$a}} keys %coMut) {
    print "$gene\t$coMut{$gene}\t$totalSampleNo\n";
}