BioinfoScripts/changeChainId.txt at master · mtp-usz/BioinfoScripts · GitHub

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#!/usr/bin/perl -w
# Author: Abdullah Kahraman
# Date: 11.07.2009

use strict;
use warnings;
use Getopt::Long;

###########################################################
##############################################################################
### read all needed parameters from commandline ##############################
##############################################################################
my(
$cin,
$cout,
);

&GetOptions(
  "i=s" => \$cin,   # chain to be changed
  "o=s" => \$cout,  # into chain

) or die "\nTry \"$0 -h\" for a complete list of options\n\n";

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### SUBROUTINES
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### MAIN
##############################################################################
##############################################################################

if(!defined $cin or !defined $cout){
    die "Please specify \"-i and -o\"\n";
}

$cin = " " if($cin eq "_");
$cout = " " if($cout eq "_");

while(<>){
    if(/^ATOM/){
	my $chainId  = substr($_, 21, 1);
	if($chainId eq $cin){
	    substr($_,21,1,uc($cout));
	}
    }
    print $_;
}