BioinfoScripts/assessString3dCalibrationKeggTest.pl at master · mtp-usz/BioinfoScripts · GitHub

1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
103
104
105
106
107
108
109
110
111
112
113
114
115
116
117
118
119
120
121
122
123
124
125
126
127
128
129
#!/usr/bin/perl -w
# Author: Abdullah Kahraman
# Date: 31.03.2015

###############################################################################
###############################################################################
### bla bla bla bla bla bla bla bla bla bla bla bla bla bla bla bla         ###
###############################################################################
###############################################################################

use strict;
use warnings;
use Getopt::Long;

my (
    # variable for parameters which are read in from commandline
    $help,
   );

##############################################################################
### read all needed parameters from commandline ##############################

&GetOptions(
    "help!"      => \$help,     # print this help
) or die "\nTry \"$0 -h\" for a complete list of options\n\n";

##############################################################################

# help
if ($help) {printHelp(); exit}

##############################################################################
### SETTINGS #################################################################
##############################################################################

##############################################################################
### SUBROUTINES ##############################################################
##############################################################################

###############################################################################
sub printHelp {
###############################################################################
    # prints a help about the using and parameters of this scripts
    # (execute if user types commandline parameter -h)
    # param:  no paramaters
    # return: no return value

    my (
	$usage,
	$sourceCode,
	@rows,
	$row,
	$option,
	$scriptInfo,
	$example,
       );

    $usage = "$0\n";


    print "\nUsage: " .  $usage . "\n";

    print "Valid options are:\n\n";
    open(MYSELF, "$0") or
      die "Cannot read source code file $0: $!\n";
    $sourceCode .= join "", <MYSELF>;
    close MYSELF;
    $sourceCode =~ s/^.+?\&GetOptions\(\n//s;
    $sourceCode =~ s/\n\).+$//s;
    @rows = split /\n/, $sourceCode;
    foreach $row (@rows){
        $option = $row;
	$option =~ s/\s+\"//g;
	$option =~ s/\"\s.+\#/\t\#/g;
	$option =~ s/=./\t<value> [required]/;
	$option =~ s/:./\t<value> [optional]/;
	$option =~ s/!/\t<non value> [optional]/;

	$row =~ s/^.*//;
	print "\t";
	printf("%-1s%-30s%-30s\n", "-",$option,$row);

    } # end of foreach $row (@rows)
    print "\n";
    print "Options may be abreviated, e.g. -h for --help\n\n";

    $example  = "$0";
}

##############################################################################
### END OF SUBROUTINES########################################################
##############################################################################


############
### MAIN ###
############


my $min=0;
my $max=1.0;
my $step=0.1;

my $n = 0;
my %hit = ();
my %fail = ();
my %int = ();
while(<>) {
    $n++;
    chomp($_);
    my @a = split(/\t/, $_);
    for(my $i = $min; $i < $max-0.00001; $i += $step){
	$hit{$i} = 0 if(!exists $hit{$i});
	$fail{$i}=0 if(!exists $fail{$i});
	$int{$i}=0 if(!exists $int{$i});
	if($a[2] > $i and $a[2] <= $i+$step){
	    $int{$i}++;
	    if($a[4] == 1){
		$hit{$i}++;
	    } else{
		$fail{$i}++;
	    }
	}
    }
}
print "#bin\tcount\tfreq\tT\tF\tT/F\n";
foreach my $i (sort {$a<=>$b} keys %int){
    printf ("%.1f-%.1f\t%i\t%.2f\t%i\t%i\t%.2f\n", $i, $i+$step, $int{$i}, $int{$i}/$n, $hit{$i}, $fail{$i}, ($hit{$i}+$fail{$i} > 0 ? ($hit{$i}/($hit{$i}+$fail{$i})) : 0));
}