BioinfoScripts/allVsAll.pl at master · mtp-usz/BioinfoScripts · GitHub

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#!/usr/bin/perl -w
# Author: Abdullah Kahraman
# Date: 01.04.2011
# Update:
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### This script reads in from a directory all rmsd files and outputs        ###
### an allVsAll distance matrix.                                             ###
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use strict;
use Getopt::Long;

my (
    # variable for parameters which are read in from commandline
    $help,
    $dir,
  );

##############################################################################
### read all needed parameters from commandline ##############################

&GetOptions(
      "help!"      => \$help, # print this help
      "dir=s"      => \$dir,  # directory with .rmsd files
) or die "\nTry \"$0 -h\" for a complete list of options\n\n";

##############################################################################

# help
if ($help) {printHelp(); exit}

##############################################################################
### SETTINGS #################################################################
##############################################################################

##############################################################################
### SUBROUTINES ##############################################################
##############################################################################

##############################################################################
sub printHelp {
##############################################################################
    # prints a help about the using and parameters of this scripts
    # (execute if user types commandline parameter -h)
    # param:  no paramaters
    # return: no return value

    my (
	$usage,
	$sourceCode,
	@rows,
	$row,
	$option,
	$scriptInfo,
	$example,
       );

    $usage = "$0 -in=<path> -field=[string] -stop=[integer] " .
             "-output [stdout|database] -help -list -verbose\n";


    print "\nUsage: " .  $usage . "\n";

    print "Valid options are:\n\n";
    open(MYSELF, "$0") or
      die "Cannot read source code file $0: $!\n";
    $sourceCode .= join "", <MYSELF>;
    close MYSELF;
    $sourceCode =~ s/^.+?\&GetOptions\(\n//s;
    $sourceCode =~ s/\n\).+$//s;
    @rows = split /\n/, $sourceCode;
    foreach $row (@rows){
        $option = $row;
	$option =~ s/\s+\"//g;
	$option =~ s/\"\s.+\#/\t\#/g;
	$option =~ s/=./\t<value> [required]/;
	$option =~ s/:./\t<value> [optional]/;
	$option =~ s/!/\t<non value> [optional]/;

	$row =~ s/^.*//;
	print "\t";
	printf("%-1s%-30s%-30s%-20s\n", "-",$option,$row);

    } # end of foreach $row (@rows)
    print "\n";
    print "Options may be abreviated, e.g. -h for --help\n\n";

    $example  = "$0 -in=../../databases/locuslink/locuslink_031007.txt ";
}


#######################################

sub look4Files{
    (my $dir) = @_;

    my %allFiles;
    if(-d $dir){
	opendir(D1, $dir)
	    or die "Can't find directory: ".$dir."\n";

	# take all directory entries accept of current and parent directories
	my @dir1 = grep {$_ ne '.' and $_ ne '..'} readdir(D1);
	close(D1);

	foreach my $dir1Entry (@dir1){
	    if(-e $dir."/".$dir1Entry and ($dir1Entry =~ /.rmsd$/ or $dir1Entry =~ /-rmsd.txt$/)){
		my %lmPair;
		open(F1, $dir."/".$dir1Entry) or
		    die "Can't open file \"$dir\/$dir1Entry\", $!\n";
		while(<F1>) {
		    chomp($_);
		    my @lineArray = split(/\t/, $_);
		    $lmPair{$lineArray[1]} = $lineArray[2];
		}
		close(F1);
		$allFiles{$dir1Entry} = \%lmPair;
	    }
	}
    }
    return \%allFiles;
}

##############################################################################
### END OF SUBROUTINES########################################################
##############################################################################


############
### MAIN ###
############


unless (defined $dir){
  die "\nTry \"$0 -h\" for a complete list of options\n\n";
}
else{
    my %allFiles = %{&look4Files($dir)};

    open(O, ">allVsAll.rmsd") or
	die "Can't open file: allVsAll.rmsd\n";
    foreach my $file1 (sort keys %allFiles){
	print O "$file1 ";
	my %lines = %{$allFiles{$file1}};
	foreach my $file2 (sort keys %lines){
	    print O $lines{$file2}." ";
	}
	print O "\n";
    }
    close(O);
}

###################


###############
## end of main
## end of script